Drie maanden na de gebeurtenissen in Inazuma Eleven GO keert Arion Sherwind terug naar Raimon Jr. High, en ontdekt dat er een honkbalveld ligt op de plek waar eerst gevoetbald werd. Erger nog: de club is in geen velden of wegen te bekennen!

De leerlingen houden zich in alle rust bezig met andere activiteiten zoals gymnastiek, muziek en kalligrafie. Het lijkt alsof voetbal nooit heeft bestaan! Wanneer er een paar mysterieuze tijdreizigers uit de toekomst opduiken, wordt duidelijk dat Arion de enige is die deze prachtige sport kan redden.

Tegen die achtergrond reis je door de tijd om een gigantische wereld te ontdekken, geheimen te ontrafelen, de strijd aan te binden met rivaliserende teams, en voetbal in ere te herstellen!