De nieuwe hoofdpersoon Matsukaze Tenma, komt voor het eerst in Raimon. Het is al weer 10 jaar geleden dat Inazuma Japan de Football Frontier heeft gewonnen, er is dus een hoop veranderd.

Tenma gaat direct naar de voetbal club om zich in te schrijven. Echter ziet hij wanneer hij aankomt een jongen de voetbal club vernietigen. Zijn naam was Tsurugi Kyousuke, en hij was een spion van Sector Five, gestuurd om de club te vernietigen.

Vanaf dit punt veranderd er veel, Tsurugi eindigd uiteindelijk in het voetbal team van Raimon dat hij eerst vernietigd had. Samen met het team beginnen ze aan het Holy Road voetbal toernooi, met als doel de beste te worden.