Air Conflicts: Secret Wars is een arcade-vliegsimulatie die is opgenomen in het wereldoorlog I + II-scenario . Tijdens de 7 campagnes moet de speler door 49 missies vliegen en vechten. Voordat hij opstijgt, kan de speler kiezen uit verschillende vliegtuigen, elk met verschillende sterke en zwakke punten.

Binnen de missies krijgt de speler verschillende doelen zoals patrouilleren, sluipen, hit & run, bombardementen en escorteren. Objectieven worden gepresenteerd als dialogen tussen verschillende karakters. Na enkele missies kan de speler een van zijn vaardigheden upgraden om de vliegtuigen gemakkelijker te manoeuvreren, meer uithoudingsvermogen te hebben of je wingman een boost te geven. Verder kan de speler kiezen tussen twee besturingsschema's. Arcade en simulatie. De eerste maakt het spel gemakkelijker te besturen, terwijl het tweede meer opties geeft om het vliegtuig te besturen.

Naast de campagne beschikt de game ook over verschillende multiplayer-modi, lokaal en via internet voor maximaal vier spelers.